La Junta Rectora es el órgano de gestión y representación de la Academia, que dirige las actividades, la gestión económica y administrativa de la Academia. Esta Junta está conformada por un presidente y cuatro vicepresidentes, uno por cada provincia, así como un secretario general y un tesorero, estos últimos serán designados por el presidente, así como un vicesecretario y un vicetesorero que colaborarán con los titulares y cubrirán las eventuales ausencias de ellos.